если не согласны с решением о коректировке, что делать в этом случае

[никТОша]

решение о проверке было мы отправили документы что они запросили, сейчас они принимают решение, решение будет не в нашу пользу скорее всего, хотя предоставленных документов более чем достаточно для доказательства стоимости.
теперь мы им отправим КТС, а потом будем обжаловать это решение?
а отправка КТС не будет считаться нашим согласием на корректировку?

Так вы решение сначала дождитесь!!!
Касательно отправки КТС - вашего соглассия никто и не спрашивает.