При пред. осмотре нашли лишнее, как быть с весом

[Эльза]

Я вот что имею ввиду: скажем есть ящик. Брутто 40 кг, нетто 30 кг. В ящике 6 товаров по контракту А и 1 товар по контракту Б.
Общий вес нетто 6 товаров по контракту А - 29,98 кг
Общий вес нетто 1 товара по контракту Б - 0,02 кг (2 грамма).
В этом случае в ГТД на контракт А будет указано брутто 40 / нетто 29,98
А в ГТД на контракт Б будет брутто 40 / нетто 0,02 кг.
Такое допустимо?

Нет, потому что в корне неверно.
Вес тары надо поделить по товарам пропорционально весу нетто.
По Вашим данным получается:
1 товар: нетто - 29.98
брутто - 39.97
2 товар: нетто - 0.02
брутто - 0.03
Это самый простой способ.