Поставщик поставил больше, чем надо

[frodo]

Лучше и не сталкивайтесь.
В Вашем случае это будет головная боль для всех. В том числе и таможне. Они сами будут от Вас отмахиваться как от назойливой мухи.
Если хотите всё же официально и легально оформить.
То в случае выявления несоответсвия полученного, заявленному. Обычно составляю коммерческий акт с привлечением третьей (независимой) стороны. Это обычно прописывается в контракте.
На основании этих бумаг оформляются КТД или КТС и в таможню.
Но в случае с КТД ещё решаемо, по срокам может от 1 мес. до 3-х растянуться.
А вот с КТС - посложнее, особенно если у Вас произойдёт уменьшение таможенной стоимости. Шансу решить в таможне нулевые. Только через суд.

Имеете ввиду при последующих поставках? Нет.

Будет, будет. Ведь АП завели, значит и риск появиться.