сертикат происхождения и форма а

[Чучмек]

В течении года со дня подачи ПТД? То есть просто получить от поставщика Форму А и внести изменения в ДТ (то есть просто изменить номер под 06013)? И никаких последствий?

Да.
Можно даже просто получить оригинал ф.А, и ждать реакции таможни (не внося изменения). Быть наготове, тыскыть. Если они сами найдут, что серт был не тот.

Размер пени не подскажите?

По ставке рефинансирования ЦБ РФ.
Сейчас - 8.25% годовых, емнип.