сертификат соответствия

[Boggart]

Можно ли в сертификате соответствия на оборудование (тех.регламент на машины и оборудование) указать номер контракта? ?

Да.
Смотрите: Единая форма Сертификата соответствия ТР ТС и правила его оформления

3) в поле 8 – сведения о продукции, на которую выдан сертификат соответствия, включая: - наименование объекта сертификации (серийный выпуск, партия или единичное изделие). В случае серийного выпуска продукции вносится запись «серийный выпуск». Для партии продукции указывается размер партии, для единичного изделия – заводской номер изделия. Для партии продукции и единичного изделия приводятся реквизиты товаросопроводительной документации;

Заодно, см.: Единая форма Декларации о соответствии ТР ТС и правила ее оформления (может быть у Вас ДС, а не СС)

При поставке в дальнейшем зап.частей к этому оборудованию можно представлять этот сертификат? (если эти зап.части попадают под предоставление сертификата соответствия).

Да

Таможне нужно будет как-то доказывать, что эти зап.части ввозим для ранее ввезенного сертифицированного оборудования (какими-то чертежами, каталогами зап.частей и т.д.)?

Да

Везде есть нюансы