возникнут ли какие-то вопросы с таможней

[Chapaev]

о каком судебном разбирательстве идет речь?
компания не собирается скрывать что либо
привезли - пошлина XX, налог 18% - заплатили пошлины и налоги - продали заказчику в РФ по цене чуть выше себестоимости

или таможня сразу начнет возбуждаться и удерживать товар без оформления?

Удерживать никто ничего не будет. Возьмут обеспечение и условно выпустят. Подберут идентичный(однородный) товар и сделают окончательную корректировку.
Так что ,ежели ваше компании бабка не ворожит,доказывать будет е в суде,зато раз и навсегда(почти).
Тем более компания новая.