Запрет на импорт пищевых продуктов из Европы, США.

[Touareg]

В таком случае, если госграницу РФ пересёк запрещённый к ввозу товар, таможенный орган зарегистрировал декларацию и отказал в выпуске товара, то декларанта по ст. 16.3 привлечь невозможно, ибо "все действия" не состоялись.

не думаю, что такое утверждение верно. Ввоз - все действия, т.е.:
- товары прибыли - они ввозятся (начало ввоза)
- товары помещаются на ВХ - они ввозятся (продолжение ввоза)
- товары декларируются и выпускаются - они ввезены (завершение ввоза).

В ст. 16.3 ведь не говорится о том, что действия по ввозу должны быть завершены. Хотя, если ВАС поддержит Вас, то может КоАП или 311-ый подкорректируют... однако, сомневаюсь.