филиал и головная организация

[пенсионер]

при подаче ДТ в 8, 9 и 13 графах указываем головную организацию и филиал.
в описи трудовой, и приказ на филиал и доверенность от головной организации, эцп естественно получена на головную организацию

но сейчас необходимо подать дт именно от головной организации, не указывая филиал.

может ли таможня отказать в выпуске, сказав, что полномочия лица подавшего ДТ не подтверждены и устроен он на филиал ?

Филиал не является юридическим лицом согласно ГК РФ и устроен он в филиал юридического лица, см. трудовую книжку