Растаможка по судебному решению

[IM-EX]

В этом и суть вопроса.
Будет ли авто растамаживатся по обычным правилам? Или будет иная процедура?
И почему таможня, а не ГИБДД?

Потому что первичные документы (ПТС) на транспорт ввезенный из-за рубежа (а Вас транспорт фактически иностранный, на украинских номерах, на территории РФ) выдает таможенный орган. После чего Вы обязаны поставить на учет в местом отделении ГИБДД.
p.s. И оформляться будет по обычным правилам, в т.ч. утиль сбор, да и ЕВРО не мешало бы уточнить, а то может геморрой себе заработаете. Но КМК в Крыму были какие-то льготы для переоформления транспорта на ЮЛ.