Особенности транзита из России в Россию через заграницу (не ТС)

[Alekso]

У нас предполагается морская контейнерная перевозка через одну из контейнерных линий.

Это меняет все дело.
Как всегда, топикастер в теме описал все, кроме самого главного.
Вам по-любому "закроют границу" (как Вы написали,что перевозка будет через территорию иностранного государства (не ТС)) и таможня и пограничники. Поэтому - чистый экспорт с дальнейшим реимпортом.