Нужна теория

[Заколка]

Вам нужно выгружать выпущенную в свободное оформление часть, загружать на другое транспортное средство и вывозить. Или можно, наоборот, выгрузить нерастаможенную часть, а выпущенную вывезти в этом контейнере.
По истечении 10 дней по 1-ой части откажут в выпуске и дальше Вы можете, например, сделать транзит. В этом случае, наверно, все-таки лучше, если груз будет лежать в контейнере, в котором изначально пришел)

Как вариант:
1 часть товара,которую "выпустили" забрать
2 на другую часть товара подать ДТ в иной - "удаленный" ТО (при наличии полномочий у ТО конечно)