Таможня повышает цены

товары 500 наименований, классифицируемые тремястами различными кодами (в отношении каждого из которых предлагаете установить специфическую ставку пошлины)?

Так ведь сейчас, по сути, эти специфические пошлины и установлены - только не прямо, а через профиль риска. То есть, отличий от сегодняшнего расчёта никаких - только всё законно и прозрачно, а не через какие-то непонятные письма ДСП.

А НДС, ставка которого исчисляется в процентах от суммы таможенной стоимости товара и уплачиваемой ввозной пошлины, как будет рассчитываться?

Ну, НДС-то - налог возвратный, так что особого значения для бюджета это не имеет. Думаю, при желании, найти решение не сложно.