Единая база таможня/налоговая

[user's]

Во-вторых, ежели все докУменты поданы в налоговую честь по чести, то кого волнует, что у них там в базе видно? В худшем случае может закончится обыденной камералкой с запросом (уже на основании проверки) таможне напрямую. И всё...

Судя по всему, налоговая не желает обратиться напрямую в там. орган. Это как с ВК банка, перекладывают на клиента.
Нет подтверждения платежей - нет зачета НДС, следовательно - доначисление.
Позвонить и уточнить - это очень просто.