Транспортный счет в рублях

[snp]

Декларант уверяет, что проблемы возникают уже после выпуска.

Сделайте счет в рублях. С перевозом договоритесь, что пусть он потом по разнице курсов (если будет критичная) выставит Вам на что-нибудь внутрироссийское. Или если уж хотите привязать к этой поставке разницу - пусть выставит дополнительный счет с формулировкой - погрузочно/разгрузочные работы, осуществленные водителем ТС на складе получателя. Там вряд ли будет гигантская сумма на разнице курсов.