как бороться с руководством. и стоит ли

[Quantum satis]

С какого перепугу стоимость и оплату по совершенно другому контракту стало нужно включать в ТС?

Нужно - в определённых "Соглашением..." случаях.
А именно:
1. Если покупатель предоставил продавцу некие услуги/товары бесплатно
и
2. Эти услуги/товары были использованы продавцом в связи с производством и продажей оцениваемых товаров.
В данном случае не покупатель предоставил продавцу услугу по разработке дизайна упаковки бесплатно, а продавец оказал покупателю услугу по разработке дизайна, причём, платно.
Разница видна невооружённым взглядом.