не довложили

[Легат]

В том и вопрос.. на порчу не хотят списывать.

Кредит нота, дело конечно хорошее.. тогда вопрос с налоговой и аудитом. По документам на ввоз (без КДТ) значится 2000 коробок.. Оприходовано 1900.
Примут ли эти все структуры (включая валютный контроль) кредит ноту без корректировки?

А Вам зачем, чтобы "все структуры" принимали Вашу претензию продавцу? Вполне достаточно, чтобы он признал недостачу и компенсировал ее бесплатной поставкой. А Ваши бухи должны знать, как осуществлять приход товара при недостаче и ее признании поставщиком. Это осуществляется не только посредством ДТ и КДТ ( которую Вам никто не даст сделать).