Перевозчик не предоставил Транзитную декларацию

[sk_xp]

напрашивается вывод о том, что выбирался самый дешёвый вариант доставки до Литвы, где водитель "от сохи".

раскручивайте цепочку перевозки от германии до выгрузки и ищите, куда пропала транзитка.
проверяйте, что и кому сообщалось о грузе, кто выдавал документы, каике инструкции кому и кем давались.
рисуйте претензии в адрес субподрядчика на возмещение ущерба...

чтобы избежать в будущем подобное - 100001 раз проговаривайте все нюансы перевозки подрядчику.
прописывайте всё в заказе на перевозку. просите вернуть вам подписанный перевозчиком заказ до начала перевозки. это всё, конечно, слабые гарантии соблюдения всех инструкций, но хоть что-то.
пропишите ответственность перевозчика за незакрытые Т1/ЕХ1...

ну и используйте для перевозок более-менее известные компании с нормальной репутацией.