Контракт на покупку интеллектуальной собственности (схемы, чертежи на электр.носителе

[user's]

Смотрите что получится. Если услуга, то вы налоговый агент и поэтому должны удержать и уплатить НДС из стоимости работы до оплаты поставщику. Спросите бухов или читайте интернет.
Затем при ввозе результатов на носителе в ТС надо включить стоимость информации. Так утверждает таможня. Тогда кроме пошлины Вы еще раз заплатите НДС. Законно или нет если есть договор услуг я спорить не буду, но считаю законным. Так же вызывает недоумение что с услуги ( а это не товар ) возникает пошлина. Изучайте тему.

1. НДС оплачивается в рамках отчетного периода. Нет обязанности уплатить НДС до платежа исполнителю.
2. НДС, который уплачен там. органу, будет зачтен в отчетном периоде для ФНС. Двойной уплаты НДС не произойдет.