Специалист по таможенному оформлению должен быть в штате?

[Рико]

Не всегда есть директор. Его может не быть. И ЭЦП на него не получить.

Вот для примера реальная запись по конторе где нет директора:
единоличный исполнительный орган в лице управляющей компании ООО «ХХХХ» в лице генерального директора Иванова Ивана Ивановича, действующего на основании Устава и Договора о передаче полномочий единоличного исполнительного органа управляющей организации от 01.01.2222 года

Значит ЭЦП на управляемую контору получает гендир управляющей, так же бесплатно в налоговой.
Это не запрещено, скажу больше, по другому никак.