При экспорте в СНГ таможня требует печать на счет-фактуре

Тем более, что главбух неправ: не заверяется печатью счет-фактура внутренняя,выставляемая резиденту РФ, с выделенным НДС. На экспорт НДС не выставляется.

Но и обязянности заверять печатью С/Ф на экспорт тоже , как таковой, нет.
ИМХО, нет нужды что-то менять в сложившемся порядке ведения дел фирмы. На мой взгляд, таможня не права на этот счет и убедить её возможно, и не составит большого труда.