По экспортной ГТД ушел не весь груз. Как быть?

Никоим образом. Ст.133 говорит о внесении изменений в ГТД, находящуюся в оформлении.
В данном случае - корректировка после выпуска.

ИМХО говорится о принятой таможенной декларации, т.е. ГТД имеет статус принятой не зависимо от стадии таможенного оформления, после её принятия таможенным органом.
Т.е., иными словами, ГТД с отметками "выпуск разрешен", тоже является принятой таможенной декларацией.