Зачот плательщиком-нерезидентом

А у меня ещё и часть 2 есть..

Вы расширительно толкуете плохо прописанную норму, и это Ваше право. Имеется ввиду, что лицом, фактически осуществляющим платеж, может быть любой. Например, на основании погашения задолженности, или любой иной договоренности. Но! По ч.1 ст 328 Плательщиком пошлин и налогов может быть только резидент. И ответственность по уплате пошлин и налогов возлагается только на резидента (ст.320 ТК.) Уверен, что и возврат/зачет средств будут доступны лишь тому, на кого возложена обязанность по уплате пошлин и налогов при оформлении того или иного режима.