Курсовая разница при перерасчете валюты

[duty-free]

а также, справочно, общая стоимость в рублях (то есть реально уплаченная стоимость).

Вот в этом и ошибка, т.е красная тряпка для таможни. А что у Вас в ДТС в гр.11 указано?

РАЗДЕЛ А "Основа для расчета" -
В настоящем разделе приводится цена сделки, фактически уплаченная или подлежащая уплате за ввозимый товар....
Графа 11а -
В первой строке указывается в валюте счета цена сделки, фактически уплаченная или подлежащая уплате продавцу на момент пересечения ввозимым товаром таможенной границы Российской Федерации.
Во второй строке указывается в рублях величина, приведенная в первой строке этой графы, пересчитанная в рубли по соответствующему курсу (п. 14 Инструкции).
В скобках приводятся код валюты счета и соответствующий курс валюты счета к валюте Российской Федерации.