изменение контрактных цен

[SandySoft]

...примет ли таможня более низкую цену ( со скидкой цена все равно выше проходной) без попытки ОКТСить ,если по данному контракту были поставки с другой ценой?...

Думаю, что вполне может принять. Были случаи, когда одновременно оформляли один и тот же товар с различной стоимостью за кг. (часть товара по одному дополнению к контракту, другая часть - по другому. Разница была в объемах, на которые в разное время были заключены дополнения - на "более оптовую" поставку цена товара была ниже).
Вообще Вам верно советуют посмотреть Закон о таможенном тарифе. Помимо этого можете глянуть Приказ ФТС № 1206 от 22.11.2006, в котором расписан порядок проверки правильности определения таможенной стоимости товаров и указано то какие дополнительные документы и сведения могут быть запрошены для подтверждения заявленной таможенной стоимости.