недоплата по транспорту...грозит ли АП?

[Из кустов]

А я не понял, где пост просмотрел. Но даже если правонаршение выявлено после выпуска, оснований для невозбуждения дела по АП общем случае нет.
Как отмечено в известном постановлении ВАС РФ факт выпуска товара не может служить основанием для легализации ошибок декларанта.

Как не прискорбно, но это так.

Что с того, что должностное лицо таможенного поста нарушило свою должностную инструкцию? Как это влияет на привлечение декларанта к административной ответственности?
Да никак. Единственное, что может связать два эти факта так это сговор лиц: декларант указал неверные сведения о ТС, а инспектор сделал вид, что не заметил этого. Вам это нада?

Единственное, что вэтой ситуации можно сделать, так это представить разбивку счёта перевозчика, где из 3000 долл. на собственно перевозку до российского аэропорта приходится 1500 долл., а оставшаяся половина - оплата услуг по обработке груза в аэропорту на территории России.

Так хоть сумму неуплаченных платежей снизите и штрафчик будет меньше.