Основания для беспокойства у бухгалтерии есть. Какие конкретно - из ваших слов увы не понятно, т.к. не понятен функционал ООО по договору... Если ООО просто агент-коммиссионер, это одно... А если аффилированная структура - ищите поиском проблемы налогообложения холдингов (начните с дела ЮКОСа)...
И это почитайте - может прояснит чего...
Переход права собственности
Декларантами не могут быть посредники, функции которых ограничиваются перевозкой товаров, оказанием транспортно-экспедиторских услуг, профессиональной помощью в таможенном оформлении
Внешнеторговая сделка может быть заключена комиссионером по поручению получателя (или иного лица). В данном случае в соответствии с Гражданским кодексом Российской Федерации (далее - ГК России) комиссионер выступает от собственного имени и проводит, как правило, самостоятельно расчеты с иностранным контрагентом. Следовательно, это лицо, как и агент, действующий от собственного имени, обладает документацией, связанной с заключением и исполнением внешнеторговой сделки, и отражает сведения о своей экономической деятельности в бухгалтерском учете. Комитент же (лицо, по поручению которого заключается сделка) является собственником товаров (статьи 996 и 1011 ГК России).
О декларанте товаров
И поищите
