12 сентября 1991 года приказом Таможенного комитета СССР № 92 "О создании новых таможенных органов" Биробиджанский таможенный пост Хабаровской таможни преобразован в Биробиджанскую таможню. Зоной деятельности определена Еврейская автономная область. Штатная численность установлена в количестве 30 человек. Так, согласно архивным данным началось функционирование таможенного органа