с портретом Улисса Гранта.:D

Да хоть Мао:D

Печать в контракте и инвойсе может быть разная (например, одна для отгрузочных документов, другая для остальных)! Это дело китайцев, какую ставить печать (в смысле, поставьте, какую найдете:D). Тут до УК далеко, не переживайте.:)

В банк Вы обязаны сдать ГТД и, соответственно, предоставить сам контракт. На крайняк, заплатите китайцам еще раз, но уже официально, чтобы штрафа по валютке не было. Тут сумма смешная, на на первый взгляд все должно быть хорошо - тогда и копать сильно никто не будет.
Допники сделайте обязательно, и на условия поставки, и на условия оплаты.

По поводу будет ли конролировать банк оплату по Контракту?

В этой ситуации Вы вполне можете не ссылаться на своего горе сотрудника, который со своего счета оплатил Контракт за
организацию , потому что это нарушение валютного законодательства, а оно Вам никчему. Можете растаможиваться по условиям Контракта, где оплата после получения товара. В этом случае в банке будет документ , подтверждающий, что товар ввезён, растаможен, но не оплачен. Ввезённый и не оплаченный товар не контролируется ни банком, ни таможней, контролируются авансовые платежи. Только налоговая может Вам поставить эту сумму на прибыль по результатам очередной проверки . Но это лучше, чем нарушение валютного законодательства, потому что информация о нарушении ВЗ передаётся во всё контролирующие органы.

через три года

до УК всем гораздо ближе, чем они обычно думают.

хм...был бы человек - статья найдется...