Это происходит из-за небольшой нестыковки АПК и КоАП в части принятия решений при обжаловании. Суд отменяет постановление и все. Решения по существу дела нет (прекратить или наказать). Можно конечно обжаловать, но установленные процессуальные нарушения при обжаловании не исправишь. А событие АП есть и от него никуда таможне уже не скрыться. КоАП позволяет еще раз составить протокол об АП с недопущение совершенных процессуальных нарушений и рассмотреть дело по существу.
Какие к таможне претензии, если она пытается исполнить закон? Раз ошиблась, суд исправил ошибку. Исправились. Дальше исполняют закон.

Я правильно понимаю, что не важно по каким основаниям я обжаловал постановление по делу об АП, теоретически таможенные органы могут заново возбудить постановление против меня не смотря на ч.5 ст.4.1 КоАП Можно рассуждать следующем образом:
Раз вы постановление обжаловали, следовательно ответственности не понесли, а следовательно можно заново вас привлечь к ответственности.
Теоретически такое может быть? (понимаю абсурдность вопроса, просто интересно по вашему мнению такое может произойти?)

Пересоставить протокол об АП можно только в случае, если постановление было отменено не по основаниям, указанным в ст.24.5, и 2.9 КоАП РФ. Судебная практика по пересоставлению протоколов уже сложилась, суды не видят в этом какого-либо нарушения.
При этом не важно по каким основаниям Вы обжаловали постановление.

Не правильно Вы понимаете. Постановление - это решение по делу. Протокол об АП - это не решение по делу. Если есть постановление по делу, не зависимо от того обжаловано оно или нет, вступило оно в силу или нет, такое постановление в силу пункта 7 части 1 статьи 24.5 КоАП не позволяет возбудить еще одно такое же дело по данному факту, а возбужденное должно быть прекращено. А когда суды отменяют постановление при обжаловании, не принимая нового решения (прекратить дело или наказать), то получается, что постановления по делу нет. А таможня уже не может рассмотреть дело заново, потому оно не находится у нее в производстве. И дело зависает. Событие АП есть - а решения по нему нет. Вот и выходит из данной ситуации таможня путем составления нового протокола по тому же факту и уже его рассматривает и выносит постановление.
Так и реализуется принцип, заложенный в Конституции и КоАП о том, что за одно и то же нарушение не может быть два наказания, и что нарушение закона должно наказываться.

ч 3 ст 16.2 КоАП России
 

Как можно опротестовать в таможне применение ч 3 ст 16.2 КоАП России.
после декларировании товара на основании товаро-сопроводительных документов при дополнительном осмотре таможня обнаружила что часть позиций не соответствует заявленным. (по вине отправителя производителя). была подана была новая декларация где все позиции были заявлены правильно.
но таможня возбуждает дело ссылаясь на ч 3 ст 16.2 , обосновывая что декларант (получатель) обязан был все предварительно весь прибывший товар осмотреть и лишь потом начинать декларирование.
Насколько это правомочно и как можно опротестовать ?

штрафы по этой статье от 100 т.р

Для ответа на вопрос нужно узнать, что за товар вы декларировали и какие сведения не соответствовали заявленным.

Для того, чтобы оценить дальнейшую перспективу дела необходимы его обстоятельства. Само возбуждение дела опротестовать не получится. Ждите постановление по делу, а там уже надо посмотреть его.
По чьей вине что-то там не соответствует в документах - таможне фиолетово. Перекладывайте убытки (штрафы) на своего контрагента, недобросовестно исполнившего свои обязательства по оформлению документов.
Подача новой ДТ не делает "ничтожной" первую ДТ и не стирает "грехи" по ней. Если в первой ДТ заявлены сведения или представлены недействительные документы, которые привели к неприменению запретов и ограничений, то 16.2-3 в полный рост. А предварительный осмотр таможня не вменяет в обязанность (Вы видимо, не так поняли или услышали не то, что Вам сказали). Предварительный осмотр товара - это право декларанта (см. 187 ТК ТС), реализация которого до подачи ДТ возможно позволила бы избежать вменяемого правонарушения (смотрите статью 2.1 КоАП России в части вины юридического лица). Проанализируйте это обстоятельство - если бы осмотрели бы товар, то выявили бы несоответствия в документах или нет? Если бы осмотр не позволил бы это сделать, то можно смело требовать и отстаивать прекращение дела по отсутствию состава АП (вины).