два разных товара идут в инвойсе как один

[Ken-T]

коллега, а на Пулково груз с каким инвойсом прилетит? он же проштампованный будет. и вдруг - опа, держи таможня корректный инвойс?

Да, а что здесь такого? Никогда так не делали?
Коммерческий документ (инвойс) может и измениться по договоренности сторон договора. У нас были случаи, когда после прибытия меняли инвойс. И ничего, живем дальше. Проведите осмотр до подачи ДТ. Мотивируя результатами осмотра, скорректируйте инвойс так как вам надо, но так, чтобы сильных подозрений не вызывать. Да и при декларировании уже нет требований о том, чтобы инвойс был отличкован погрантаможней. Да и погрантаможня личкует не инвойс, а транспортную накладную.
Самое главное, чтобы новые документы соответствовали действительности. А то, что старые документы кривые и могут содержать другую информацию, для декларирования значения не имеет. Разве что только для рассмотрения вопроса ответственности перевозчика по 16.1-3 при прибытии.