недоплата по транспорту...грозит ли АП?

[Латов Михаил]

и грозит ли мне это АП, если я пойду на КТС? (хотя таможня(отдел КТС) говорит, что не подадут на АП)

Именно, если Вы сами на себя сделаете КТС, именно тогда на Вас и заведут дело по 16.2 часть 2.
Слова не слушайте, слово к делу не пришьёшь.
Сейчас Вам говорят, делай сам КТС – дела не будет, как только КТС сделаете, так сразу же заведут дело.
Завтра скину ссылку на документ ФТС, смысл которого сводиться к следующему: если декларант не правильно определил ТС, а именно не включил в ТС транспортные расходы до границы РФ, тогда после того как декларант сам сделал КТС, таможенный орган обязан завести на него дело.