таможенный кодекс изменился

Возражу. Из собственного опыта могу сказать, что ГТД может быть принята без уплаты сборов. Просто потом придется платить пени от сборов.

Не может. Это нарушение Кодекса и Приказа. В Вашем случае имел место просто машинный эффект, когда дата фактического списания средств позже "зашитой" процессом оформления в АИСТЕ даты "начала оформления". Отсюда и пени вылезли. Я внятно объяснил?