таможенный кодекс изменился

[Brock]

Не может. Это нарушение Кодекса и Приказа. В Вашем случае имел место просто машинный эффект, когда дата фактического списания средств позже "зашитой" процессом оформления в АИСТЕ даты "начала оформления". Отсюда и пени вылезли. Я внятно объяснил?

Да, Вы объяснили внятно. Непонятно только одно: если ТК запрещает инспектору принимать ГТД без уплаты сборов, почему он принял ГТД? Налицо незаконное действие инспектора. И почему я должен был платить пени за действия, совершенные инспектором незаконно?