ПР 1000 - что это?

А что, если я сошлюсь на коллег по цеху, которые везут такие же группы товаров, на почти таких же условиях и т.п., но степень сложности контроля к ним гораздо меньше?
...

Это вообще ни для кого не аргумент, а уж для жалобы или суда - и подавно. К Вам применяют меры таможенного контроля в соответствии с формами, установленными Законом. Закон не устанавливает, что в отношении Вас нужно досматривать или взвешивать только каждую пятую или десятую поставки. Мне Вас искренне жаль, поверьте. Но этот камень Вам не сдвинуть. Нет нарушения со стороны таможни.