может ли частное лицо подать в Арбитражный суд на таможню?

частное лицо было декларантом при оформлении ГТД

В принципе, вот ответ на вопрос.
Гражданский Кодекс РФ.
СТАТЬЯ 23. ПРЕДПРИНИМАТЕЛЬСКАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ ГРАЖДАНИНА. ГРАЖДАНСКИЙ КОДЕКС РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ (ГК РФ)
Раздел I. ОБЩИЕ ПОЛОЖЕНИЯ
Подраздел 2. ЛИЦА
Глава 3. ГРАЖДАНЕ (ФИЗИЧЕСКИЕ ЛИЦА)
Статья 23. Предпринимательская деятельность гражданина

1. Гражданин вправе заниматься предпринимательской деятельностью без образования юридического лица с момента государственной регистрации в качестве индивидуального предпринимателя.

2. Глава крестьянского (фермерского) хозяйства, осуществляющего деятельность без образования юридического лица (статья 257), признается предпринимателем с момента государственной регистрации крестьянского (фермерского) хозяйства.

3. К предпринимательской деятельности граждан, осуществляемой без образования юридического лица, соответственно применяются правила настоящего Кодекса, которые регулируют деятельность юридических лиц, являющихся коммерческими организациями, если иное не вытекает из закона, иных правовых актов или существа правоотношения.

4. Гражданин, осуществляющий предпринимательскую деятельность без образования юридического лица с нарушением требований пункта 1 настоящей статьи, не вправе ссылаться в отношении заключенных им при этом сделок на то, что он не является предпринимателем. Суд может применить к таким сделкам правила настоящего Кодекса об обязательствах, связанных с осуществлением предпринимательской деятельности.

Т.е. ДВА Кодекса и Гражданский и Таможенный обязывают в рамках данной поставки физическое лицо считать предпринимателем, даже если он на зарегистрирован в качестве ИП.
Вывод: физ.лицо вполне может обращаться в Арбитражный суд.