Административка? Не указано количество в гр.31 (таможенные платежи верные)

[Quantum satis]

Товар "Комплект полотенец".
Я понимаю, что если следовать данной логике комплект - это один комплект.

На мой взгляд, Вы понимаете совершенно правильно.

Но все-таки, настаивал бы на том что незаполненное поле не равно 1.

Незаполненное поле, конечно, не равно "единице". Но (см.выше) "комплект полотенец" - это один комплект.
P.S. Возникает вопрос, как с незаполненным полем 41-й графы ДТ приняли. Должны были отказать в выпуске.