Можно ли так работать? Серая (Черная) схема

[user's]

Да, все верно, связано именно с тем, что TR имеет завод в ID. Сертификат то мы думаю сможем сделать. А вот как сделать то, что платим на Кипр а отгружаем с Литвы. Все таки с кем же контракт? Мне кажется с Кипром, а склад типа в Литве.

Кнтракт - с Продавцом.
Продавец может иметь производство в любой стране мира, равно как и банковский счет на Кипре. И местом отгрузки можно указать Литву. Это не проблема.
Вопрос в том, по какому МОС Вы будете оформляться, как долго и с каким возможным обеспечением.