Про СВХ - Приказы 715 и 2688

[armatura]

мотивируют отказ , что товар выпущен по ДТ, а значит временное хранение закончено. Т.е. комм. акт подан не в процессе временного хранения товаров.

1. Временное хранение товаров - хранение иностранных товаров под таможенным контролем в местах временного хранения до их выпуска таможенным органом в соответствии с заявленной таможенной процедурой либо до совершения иных действий, предусмотренных таможенным законодательством таможенного союза, без уплаты таможенных пошлин, налогов.

несоответствие должно быть выявлено или в процессе ВХ или в процессе принятия товаров. у вас - в процессе хранения выявлено, так? там в программе складской должна быть опция что выявлено в процессе хранения. Вообще то, коммерческий акт и формируется как документ после выпуска товара