Завершение процедуры переработки вне таможенной территории

[Ken-T]

А у нас характеристики и не меняются. Вы игнорируете тот факт, что судно изначально было оснащено краном. Его в процессе работы разобрали. Теперь нужно восстановить исходные характеристики судна - вернуть кран на место. Балансовая стоимость судна не меняется. Откуда возникла модернизация?
Вопрос второй: а как закрывают ремонтную переработку, если меняется, например, изношенный двигатель (судно и двигатель поставляются отдельно)?

Что там было изначально не имеет никакого значения, потому и игнорирую. Имеет значение в каком виде оно помещено под таможенную процедуру переработки. Оно у Вас было без крана, вот это имеет значение. А будет ввозиться уже с краном, соответственно есть изменение, как бы Вам не хотелось обратного.
Замена изношенного двигателя - это капитальный ремонт. Для такого ремонта я бы предложил отдельно получить разрешение на ремонт, где указать что будет вывозиться и что будет ввозиться, то есть нормы переработки. И на основании полученного разрешения отдельным товарами оформлять судно и двигатель, а потом завершать одной ДТ.