товара нет, потом "нашелся" на таможне

[Quantum satis]

Как "притянуть " эти недостоверные отчеты СВХ к прерыванию срока временного хранения, чтобы не попасть на штраф?

Это самоцель? Или целью является, всё-таки, не понести финансовых потерь?
Если цель второе, то уплачивайте штраф, после чего подавайте исковое заявление в суд на действия СВХ, поскольку

СВХ дал таможне отчет, что на этом СВХ наших товаров, находящихся на временном хранении нет, что все выпущено.
Ошибочный отчет, недостоверный. Который ввел в заблуждение и таможню (они бы и не вспомнили про эти товары, если бы мы не подали на них ДТ) и нас

Доказывайте в суде, что действия СВХ повлекли за собой причинение Вам вреда и требуйте его возмещения.