Таможня ошиблась в № двигателя

Москва. Таможня Домодедово. Может мне перегоншик парит мозг ? Говорит , что настолько все сложно, что для обращения в таможню требуется обоснование в виде справки от автоэксперта и т.д....

Нет, в этой части не парит. Не скажу про Домодедово, но ситуации по нескольким таможням СЗТУ такова: получив справку эксперта, пишете заявление в таможню о необходимости внесения изменений в ПТС. Заявление рассматривается комиссионно, так как теоретически изменение модели двигателя может означать изменение объёма, экологического класса и т.п. После принятия положительного решения - изменения внесут. Но официальный порядок не очень быстрый.
Что касается "таможня ошиблась", то это не совсем так, потому что номерное обозначение двигателя декларируется уполномоченным лицом (т.е. декларантом), редкий досмотровик будет лазить в недрах авто и сверять его. Потому, скорее всего, номер заявлялся перегонщиком (как при оформлении по ГТД, так и по ТПО). Косяк, в т.ч. его. Просто никогда в этом не сознается, скажет, что таможенники - козлы. Так проще.