Что делать?

[prosto]

Ситуация вкратце следующая:
Мы подали предварительную ГТД. После прихода контейнера был проведен досмотр, в ходе которого выяснилось, что по одному из наименований присутствуют незадекларированные излишки. Поставщик нам сразу подтвердил, что это его техническая ошибка в документах, и прислал новый инвойс

А в контракте указано какое количество единиц товара? То же, что и в первоначальном инвойсе или фактически прибывшее в контейнере?

в котором указал правильные количества, общую стоимость при этом оставил старую. Тем самым платежи по ГТД не изменились.

Проникся проблемами, так сказать... "Поставщику" зачёт!

Даже если бы не было нового инвойса, платежи по излишкам составили бы всего 200$.
В итоге таможня заводит протокол об АП, выпуск приостановлен.

Права таможня, увы.
Вариантов действия два.
1. Писать "слёзное письмо" о неизъятии товара (излишки имеются в виду) в отношении которого установлен факт АП и гарантировать уплату причитающихся таможенных платежей и штрафов. Но в соответствии с сегодняшними веЯниями, таможня, скорее всего, в этом откажет.
2. Напротив, добиваться изъятия товара, являющегося доказательством по делу об АП и выпуска остального товара в соответствии с заявленным таможенным режимом. Это ваше право.

Понимаю, что есть факт недостоверного декларирования, но также понимаю, что при предварительном декларировании мы не могли знать, сколько товара придет фактически. То есть нашей вины или умысла в этом нет.

К сожалению, понятие "вины" в форме умысла или неосторожности применимо исключительно к действиям/бездействиям физ.лиц. В данном случае к ответственности привлекают юр.лицо.