Частичная растаможка контейнера.

[SandySoft]

Olli, Вы абсолютно верно всё поняли.
Вы, на своё усмотрение, можете подать одновременно две ГТД на товары, пришедшие в одном контейнере, а можете подать сначала одну ГТД на "беспроблемный" товар, а позднее (когда разрешите все необходимые вопросы) подадите ГТД и на "проблемный" товар (не забывайте продлять сроки подачи ГТД и хранения этого товара на СВХ).
В обоих случаях (и при одновременной подаче ГТД и при подаче ГТД на "проблемный" и на "беспроблемный" товары в разные дни) таможенник не имеет оснований для отказа в принятии ГТД.
На практике это действительно происходит. Заморочки могут возникнуть, если принимающий ГТД инспектор попытается истребовать с Вас одновременной подачи ГТД на все товары, пришедшие в контейнере. На этот случай Вам дали ссылку на то, что "...основанием для отказа в принятии ГТД не может являться то обстоятельство, что ГТД подана не на всю партию ввозимых товаров" (см. п.3 Письма ФТС от 27.05.2008 № 01-11/20880)
Но тема одновременной подачи ГТД на все товары одной товарной партии довольно стара ("одновременность" уже успели даже убрать из п.5 Инструкции, утвержденной Приказом ФТС № 1057).