Имеют ли право отказать в выпуске?

[пенсионер]

и причём пункт 2 и 3, поясните... Как он исключает или поясняет п.6 и фразу "являются обязательными"...

Трудно пояснить очевидное.
п. 2 ст. 52 ТК ТС
" Правильность классификации товаров осуществляют таможенные органы"

Пояснения. Вы подали ДТ а они осуществляют проверку правильности заявленного кода.

П. 3 СТ. 52 ТК ТС " В случае неверной классификации товаров таможенный орган самостоятельно осуществляет классификацию товаров и принимает решение по кла классификации товаров по форме опредделенной законодательством государств участников с таможенного союза.

Пояснение. Вы заявили, они установили что код неправильный и приняли решение о чем сообщили вам в письменном виде. Вы или исполняете или отказа в выпуске.

п. 6 ст. 52 Это не об этих решениях по вашим ДТ, а о решениях о классификации отдельных товаров , например Распоряжение фтс рф № 6-р ( если я правильно номер помню).