Ошибка в кол-ве и местах

[Quantum satis]

Документы меняли как в сторону увеличения, так и уменьшения, если это не влечет за собой изменения платежей, то какие проблемы?

Здесь, как раз, "ведёт к уменьшению".
Если я правильно, наконец, понял, заявлено в ДТ бОльшее, нежели фактически имеющееся (и указанное в коносаменте) количество мест/штук.
Если откорректировать в ДТ сведения о количестве в соответствии с фактическими, то уменьшится и таможенная стоимость и, соответственно, сумма платежей, подлежащих уплате.