таможенный кодекс изменился

Поскольку фраза "Факт неуплаты таможенных платежей на момент подачи таможенной декларации не является основанием для отказа в принятии таможенной декларации" в тексте статьи сохранилась, то декларацию, как уже неоднократно отметили выше, принять обязаны. Ну и пеней напенять, разумеется...

Именно так, но даже если эта фраза и исчезла бы - то из остальных положений Кодекса, ИМХО, не вытекает иное.