таможенный кодекс изменился

А каким образом она устанавливает?

Ну Вы же сами привели цитату (сообщение № 33)
"При ввозе товаров на таможенную территорию Российской Федерации таможенные пошлины, налоги должны быть уплачены не позднее дня подачи таможенной декларации."
"Не позднее" можно с полным правом заменить на "до" (это не нота).
В этом вся соль (тоже не нота).
Этой фразой устанавливается срок уплаты платежей - до подачи декларации.
Следующей же фразой

Если таможенная декларация не подана в установленный срок, то сроки уплаты таможенных платежей исчисляются со дня истечения срока подачи таможенной декларации.

устанавливается, что начиная с 16-го дня с момента предъявления товаров истекает установленный ст.129 срок подачи декларации и начинают "тикать пени".