получатель Казахстан - растаможка в России?!

[corpsereviver]

Уточните, пожалуйста, на примере как обстоит дело с НДС. Например казахская компания импортировала товар из Узбекистана на 100 руб., и оплатила таможенный НДС 12%. Себестоимость составила 112 руб., она добавляет 2 руб. прибыли и отправляет в Россию. Значит в счет-фактуре для российской компании у нее будет 114 руб. и НДС 0%? И российская компания будет оплачивать НДС 18% со 114 руб., правильно?

правильно, только вот НДС в себестоимость не входит, он просто "замораживается" на время
в вашем примере прибыль составляет 14 руб., а не 2 руб., поскольку 12 руб. НДС вы поставите к возмещению => налог на прибыль будете платить с 14 руб.
как-то объяснял схему, см. здесь

p.s. всё это справделиво для предприятий на общей системе налогообложения