недоплата по транспорту...грозит ли АП?

[пенсионер]

и сейчас у таможни : счет на 3000 дол. и авианакл. (стоимость которой указана в ГТД) на 1000 дол.

мы подали заявку нашему перевозчику на перевозку, а наш в свою очередь нанял другого и после выставил счет на свои услуги (в которую входят все его затраты и его вознаграждение).

что делать...соглашаться на КТС???

Что значит соглашаться, Вы сами приложили счет на 3000, который и оплатили. Таможня по правилам должна выставить вам уведомление, требование о ДТС и КТС, обоснование решения о КТС и вы должны все исполнить.
Если они ничего не выдали официльно. то целесообразно срочно написать письмо ( или без письма если разрешат ) и скорректировать ТС.
Даже если возбудят дело , это будет очень весомый довод о отсутствии вины, посчкольку счет на 3000 приложен.