Что делать?

[Из кустов]

В контракте только общая формулировка "Оборудование для..." и его общая стоимость, поставляется на нескольких контейнерах. Спецификации (в виде приложения к контракту) мы не делали. К каждому контейнеру прилагается отдельный инвойс, в котором перечисляются различные части этого оборудования. Излишки обнаружены только по одному из наименований.

У Вас несколько иной случай, чем я предполагал:
в контракте приведён список закупаемого оборудования и цена за весь комплект без позиционной разбивки цены.
Когда продавец Вам отгружает партию - он просто указывает цену отгруженных компонентов и эта цена Вас как покупателя мало волнует, главное что бы сошёлся итог. Инвойсная цена Вам нужна для таможенного оформления этой партии и для расчётов с продавцём (в части банковского валютного контроля).

В этом случае, по моему мнению, важным является следующий факт: количество товара, по которому у Вас возникла проблема, превышает или нет количество этого товара, оговорённое в контракте.

Если нет, то у Вас 16.2 ч.2 - недостоверное указание сведений о товаре. И тут нужно напирать на тех. ошибку в указании количества продавцом (стоимость то не изменилась). Тогда Вы вытягиеваете дело на закрытие, т.к. эта ошибка не повлияла на уплату таможенных платежей.

Если да, то Вам поставили товара больше, чем Вы подписались в контракте. Попробуйте тогда использовать моё предложение (пост №5), несколько модифицировав его.

На момент подачи предварительной ГТД Вы всё указали верно.
Затем обнаружилось большее количество товара, чем это оговорено котрактом. Представьте переписку с продавцом о том, что был обнаружен излишек и что Вы готовы этот излишек купить. Внесите изменение в контракт (исправленный инвойс у Вас уже есть).
Теперь смело подавайте ГТД на излишек и требуйте, что бы товар, указанный в предварительной ГТД Вым выпустили.

Твёрдо стойте на том, что в предварительной ГТД Вы указали верные сведения о товаре и поэтом товар, задекларированный по ней должен быть выпущен.
А на излишек ткните пальцем в ст. 16 ТК и попросите их объяснить с какого такого бока Вы имеете отношения к товару, который в Ваш адрес даже не отгружался по документам и в контракте не числится.